病理学：在病理学检查中，甲苯胺蓝染色法常用于染色细胞核，帮助识别和区分不同类型的细胞。这种方法对于观察细胞核的形态特征具有重要意义，尤其是在肿瘤诊断和分类中。
感染性疾病的诊断：甲苯胺蓝染色可以用于检测真菌和原虫等病原体。通过染色，这些微生物在显微镜下变得可见，从而辅助医生诊断真菌感染和原虫感染等疾病。
神经生物学和神经病理学研究：在神经系统的研究中，甲苯胺蓝可以用于染色神经组织，帮助科学家观察和分析神经系统的结构和功能。
血液学：甲苯胺蓝染色在血液学领域有广泛应用，特别是在血液涂片的染色中。它可以帮助识别和分类不同类型的血细胞，包括在白血病的诊断中的应用。
外科手术：在某些外科手术中，甲苯胺蓝可以作为标记染料，帮助外科医生在手术过程中识别和区分不同的组织类型。