电喷雾电离质谱仪分类有多种。
1、按分析目的可分：化验室电喷雾电离质谱仪和工业电喷雾电离质谱仪。
2、按质量分析器的工作状态可分：电喷雾电离静态质谱仪和电喷雾电离动态质谱仪。
3、按质量分析器的工作原理可分：电喷雾电离四极杆质谱仪和电喷雾电离傅里叶变换质谱仪等。
4、按联用方式可分：电喷雾电离液质联用仪电喷雾电离串联质谱仪等。
5、按用途可分：电喷雾电离生物质谱仪、电喷雾电离制药质谱仪、电喷雾电离化工质谱仪、电喷雾电离食品质谱仪、电喷雾电离蛋白质质谱仪、电喷雾电离多肽质谱仪、电喷雾电离菌体质谱仪和电喷雾电离抗生素质谱仪等。