电泳缓冲液不同，跑电泳时蛋白迁移率也可能不同

首先，采用SDS Page测定蛋白分子量是一个比较粗犷的方法，本身就会有误差；

其次， 不同成分的PAGE胶和电泳缓冲液中相同蛋白会有迁移率会有差别。 pH值不同，蛋白和SDS结合也有差别。造成蛋白在凝胶中是迁移速度不一致。这是正常现象，也为广大实验员所认知。并不能据此就认为某种体系的凝胶比另外体系凝胶的测量蛋白分子量更为精确。目前常用的凝胶体系有Tris Glycine体系、Bis-Tris体系、MOPS体系 和Hepes体系。 每个体系都有自己的特点。；

最后， 如果要测定蛋白质的精确分子量， 要多种方法结合， 特别是采用Mass。