该病主要表现为急骤发热，可持续高热或反复高热，年龄大的小儿常诉咽痛，吞咽时尤甚，有时诉头痛、腹痛或肌痛；婴幼儿则表现为烦躁不安、拒食、流涎、呕吐等。多数患儿没有咳嗽、流鼻涕等症状。部分患儿可出现颌下淋巴结肿大或压痛，血常规检查大多是血细胞计数正常或略低。
可根据症状和特征性口腔损害作出诊断。最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实,但这些检查并不推荐常规采用。鉴别诊断包括疱疹性口腔炎(特点为任何季节均可发病,呈现更大的,持续更久的溃疡),复发性口疮和Bednar口疮(很少发生于咽部,而已一般无全身症状)。柯萨奇A组10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎),但口咽部损害突出,呈现白色到黄色小结，治疗为对症处理。