种子含黑芥子甙、芥子酶、芥子酸、芥子碱、脂肪油、蛋白质、粘液质。酶解后所得挥发油名芥子油，含有异硫氰酸的甲酯、异丙酯、烯丙酯、丁酯、仲丁酯、丁烯-3-酯、戊烯-4-酯、苯酯、苄酯、苯乙酯和3-甲硫基丙酯。脂肪油是多种脂肪酸的甘油酯，其脂肪酸为芥酸、廿碳烯-11-酸、油酸、亚油酸、亚麻酸、棕榈酸、花生酸、硬脂酸、山嵛酸。
