盐酸美他环素胶囊的副作用主要包括消化系统反应、肝毒性、变态反应、血液系统影响、中枢神经系统反应、肾毒性、二重感染以及维生素缺乏等。
具体来说：
消化系统反应：可能会出现恶心、呕吐、上腹不适、腹胀、腹泻等症状，有时还可能伴有胰腺炎或食管炎和食管溃疡。
肝毒性：通常表现为脂肪肝变性，妊娠期妇女和原有肾功能损害的患者更容易发生。有时肝毒性与胰腺炎同时发生，但患者并不伴有原发性肝病。
变态反应：可能包括斑丘疹和红斑，严重时可能出现荨麻疹、血管神经性水肿、过敏性紫癜、心包炎以及系统性红斑狼疮皮损加重等。
血液系统影响：偶尔会出现溶血性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少和嗜酸粒细胞减少。
中枢神经系统反应：可能引起良性颅内压增高，表现为头痛、呕吐和视神经乳头水肿等症状。
肾毒性：在原有显著肾功能损害的患者中可能发生氮质血症、高磷酸血症和酸中毒。
二重感染：长期应用可能导致耐药金葡菌、革兰阴性杆菌和真菌等引起的二重感染，严重时可致败血症。
维生素缺乏：由于该药会影响正常菌群，可能导致维生素缺乏，表现为口干、咽炎、口角炎、舌炎等。