盘点基因组测序的最新成果

　　近日，the scientist杂志发表文章盘点了最近发布的几项基因组测序成果，一起来看看吧。

　　昏睡病传播者

　　种属：采采蝇(Glossina morsitans morsitans)

　　基因组：360 million bp

　　国际舌蝇基因组计划(International Glossina Genome Initiative)的成员在本期Science杂志上报道了采采蝇的基因组测序结果，采采蝇是锥虫病或昏睡病的唯一载体，这是一种在撒哈拉以南的非洲地区广泛传播的疾病。研究人员在采采蝇基因组中发现了12,308个蛋白编码基因，他们希望这项研究能够帮助人们进一步理解采采蝇的生物学，并为相关疾病的防治奠定基础。

　　“这些信息对于减少甚至消灭采采蝇非常有用，”世界卫生组织的John Reeder说。

　　“理解采采蝇的生物学，是治疗昏睡病并阻止其传播的基础，”法国巴斯德研究所的寄生虫学家Philippe Bastin说。(原文：Genome Sequence of the Tsetse Fly (Glossina morsitans): Vector of African Trypanosomiasis)

　　虹鳟鱼

　　种属：Oncorhynchus mykiss

　　基因组：1.9 billion bp

　　虹鳟鱼在世界各地被广泛养殖，是被研究得最多的鱼类之一。现在，法国科学家测序了虹鳟鱼的基因组，找到了全基因组加倍的证据，这一事件是脊椎动物进化和硬骨鱼分支的一个重要里程碑。研究团队在虹鳟鱼基因组中揭示了两个拷贝的原始鲑鱼基因组，并在此基础上判断虹鳟鱼的进化。

　　这篇于四月二十二日发表在Nature Communications杂志上的文章写道，“由于全基因组加倍(WGD)事件的发生时间相对较晚，虹鳟鱼为我们提供了深入理解基因演化(加倍事件后的基因组重排)的独特机遇。”

　　此前人们普遍认为，在全基因组加倍事件之后，会发生快速而广泛的基因组重组和基因删除。研究人员指出，虹鳟鱼基因组对这一理论提出了挑战。

　　分段的RNA病毒

　　种属：荆门蜱病毒JMTV(Jingmen tick virus)

　　我国疾控中心的研究人员发现了一种分段的蜱病毒，并将其命名为荆门蜱病毒(JMTV)。这项研究发表在四月二十一日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。JMTV包含黄病毒(不分段)的两个片段，和两个未知来源的片段。研究人员指出，这种依靠蜱虫传播的病毒分布在我国各地，主要出现在Rhipicephalus和Haemaphysalis种群中。

　　研究显示，JMTV是一种独特的分段RNA病毒，其基因组的一部分源自不分段病毒。这项研究的基因组测序，向人们展示了病毒基因组结构的显著多样性，揭示了不分段病毒和分段病毒之间的进化关联。”(原文：A tick-borne segmented RNA virus contains genome segments derived from unsegmented viral ancestors)

　　致病性真菌

　　种属：Cryptococcus neoformans var. grubii

　　基因组：19 million bp

　　巴黎巴斯德研究所、Duke大学和Broad研究所的科学家团队对新生隐球菌(Cryptococcus neoformans var. grubii)进行了全基因组和转录组测序，并将结果发表在四月十七日的PLOS Genetics杂志上。据研究人员介绍，这种隐球菌的感染，会使免疫功能不全的人患上脑膜脑炎，每年世界上约有六十万人因此而死亡。

　　研究人员在测序数据的基础上，分析了这种病原菌的毒力，及其对环境改变的适应性。“新生隐球菌需要应对多种环境压力，需要非常灵活的代谢机制，”巴斯德研究所的真菌学家Guilhem Janbon说，他领导了这一测序研究。“这种真菌很可能是通过复杂的RNA代谢，来实现这种灵活性。”

　　这项研究的共同作者Broad研究所的Christina Cuomo补充道：“我们的测序研究为相关领域提供了重要的参考基因组，可以帮助人们对个别基因进行分析，或者在不同条件或不同菌株中进行基因组和转录组的比较。”