在原核生物如大肠杆菌基因组中，rRNA基因一共是七套；在真核生物中rRNA基因的重复次数更多。在真核生物基因组中18S和28S,rRNA基因是在同一转录单位中，低等的真核生物如酵母中，5SrRNA也和18S,28SrRNA在同一转录单位中；而在高等生物中，5SrRNA是单独转录的，而且其在基因组中的重复次数高于18S和28S基因。和一般的中度重复顺序不一样，各重复单位中的rRNA基因都是相同的。rRNA基因通常集中成簇存在，而不是分散于基因组中，这样的区域称为rDNA，如染色体的核仁组织区（nucleolus organizer region）即为rDNA区。18S和28SrRNA基因构成一个转录单位。从转录单位上转录下来的rRNA前体经过酶切成为18S和28SrRNA。在哺乳动物和两栖动物中，18S和28SrRNA之间一同被转录下来的间隔区经过加工成为5.8SrRNA(在大肠杆菌中该区含有tRNA序列)。rRNA前体的其它部份被降解成核苷酸。真核生物中每个转录单位约长7-8kb（在哺乳动物中长13kb），其中编码rRNA的部份占70-80%（哺乳动物中只占50%左右）。一个rRNA基因簇（rDNA簇）含有许多转录单位，转录单位之间为不转录的间隔区，该间隔区由21-100bp片段组成的类似卫星DNA的串联重复顺序。转录单位和不转录的间隔区构成一个rDNA重复单位。由于不转录的间隔区中类似卫星DNA的串联重复次数不一样，因此，在不同生物及同种生物的不同rDNA重复单位之间不转录间隔区的长短相差甚大。非洲爪蟾的rDNA簇中，由类似卫星DNA的重复序列交替排列构成。5'端为一固定长度的独特顺序；后面的重复区域是由97bp的重复单位组成；另外两个重复区域是由60bp或81bp的重复单位构成；由于每个重复区域中重复单位的重复次数在不同的rDNA重复单位中不一样，因而造成不同的不转录间隔区的长短不一。另外两个固定长度的区域称为Bam岛（因为这两个片段的分离是采用BamHI酶消化制备的）。Bam岛的后半部与转录单位前面的序列（含有启动子）相似；另外在60/81bp的重复区域中也有类似的序列。根据这些结构特点，有人认为不转录的间隔区可能在转录单位的转录起始中起着重要作用。rDNA的重复单位在许多动物的卵子形成过程中进行大量复制扩增，如爪蟾在扩增前有rDNA重复单位500个，在从卵母细胞前身(oocyteprecursor)发展到卵母细胞过程中（3周时间），rDNA的重复单位可扩增400倍，每个细胞核的核仁数增加到几百个。扩增rDNA的过程是采用滚环式复制方式在核仁区进行的，扩增的DNA不纳入到染色体中，而是包含在核区。卵母细胞成熟后，大量的rDNA由于失去了存在的意义而逐渐降解。在卵子形成的过程中rDNA大量扩增的目的，就是为了产生大量的rRNA，组装成核糖体，用于合成大量的蛋白质，以满足受精后发育的需要。在大多数真核细胞中5SrRNA基因和18S,28SrRNA基因不属于一个转录单位。5SrRNA基因在基因组中亦呈串联重复排列成基因簇。其结构在非洲爪蟾中研究得最为清楚。在爪蟾体细胞中5SrRNA基因约有500拷贝，而在卵细胞中5S基因可重复20000多次。这大概是为了和卵细胞中大量扩增的28S和18S基因相统一。在爪蟾中发现有几种5SrRNA基因。最主要的一种其结构形式与18S、28S基因相似，即5S基因与非转录间隔区相间排列，组成一个重复单位。每个重复单位的5'端是含有A-T丰富区的一段49bp长的G-C丰富区；下面跟是120bp的5SrRNA基因；后面又是一段 并不转录的序列,而且与前面的5S基因比较有9个点突变，因此称为这段基因为假基因（pseudo gene）。尽管假基因不被转录，但在5S基因簇中总是有等量的5S基因和它的假基因。
在卵细胞中还有一个次要的5SrRNA基因，与主要的5S基因在序列上有一定和差异，在结构上与主要的5S基因相似，但整个重复单位长只有350bp,而且间隔区与主要的5S基因完全不一样。
人类的rRNA基因位于13,14,15,21和22号染色体的核仁组织区，每个核仁组织区平均含有50个rRNA基因的重复单位。5SrRNA基因似乎全部位于1号染色体（1q42-43）上，每单倍体基因组约有1000个5SrRNA基因。tRNA基因的清确重复次数比较难以估计。在非洲爪蟾中约有300个拷贝由tRNAmet,tRNAphe,tRNATrp及其它tRNA基因组成的3.18kb的串联重复单位。而在人体单倍基因组中约有1000-2000个tRNA基因，为50-60种rRNA编码，每种平均重复20-30次。