（Long interspersed repeated segments, LINES）这类重复顺序的长度大于1000bp，平均长度为3500-5000bp，它们与平均长度为13000bp（个别长几万bp）的单拷贝顺序间隔排列。也有的实验显示人基因组中所有LINES之间的平均距离为2.2kb,拷贝数一般在1万左右，如KpnⅠ家族等。中度重复顺序在基因组中所占比例在不同种属之间差异很大，一般约占10-40%，在人约为12%。这些顺序大多不编码蛋白质。这些非编码的中度重复顺序的功能可能类似于高度重复顺序。在结构基因之间，基因簇中，以及内含子内都可以见到这些短的和长的中度重复顺序。按本文的分类原则有些中度重复顺序则是编码蛋白质或rRNA的结构基因，如HLA基因，rRNA基因，tRNA基因,组蛋白基因,免疫球蛋白基因等。中度重复顺序一般具有种特异性；在适当的情况下，可以应用它们作为探针区分不同种哺乳动物细胞的DNA。