直接显微镜检查对真菌病的诊断较细菌更为重要，凭借镜检所见菌丝和孢子形态可快速、简便检测真菌，对浅部真菌病、隐球菌病、皮肤病、皮肤黏膜假丝酵母菌等具有诊断意义。其次，直接显微镜检所见的真菌形态即为该真菌组织形态，且能确定某些致病真菌的属和种。但直接镜检也有其局限性，阴性结果不能排除真菌感染，其敏感度不如真菌培养。
