发布时间:2019-07-07 15:15 原文链接: 真菌的DNA和RNA提取方法

搞真菌基因功能研究的不可避免的总要涉及到DNA和RNA提取,由于真菌中有较多的多糖成分影响到所提DNA和RNA的质量和后续的分析。因此一个高质量的、实惠的提取方法是我们的优先选择,在此分享一下我一直在用的提取方法,供大家参考。
真菌DNA的提取(方法一)
1.取真菌菌丝0.5g, 在液氮中迅速研磨成粉
2.加入4mL提取液,快速振荡混匀
3.加入等体积的4mL的氯仿:异戊醇(24:1),涡旋3~5min(此处是粗提没有加酚,可以节约成本的哟!)
4.1000rpm,4℃,5min
5.上清用体积的氯仿:异戊醇(24:1)再抽提一次(10,000 rpm,4℃离心5 min)
6.取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇或2.5倍体积的无水乙醇沉淀, 混匀, 静置约30 min
7.用毛细玻棒挑出絮状沉淀, 用75%乙醇反复漂洗数次, 再用无水乙醇漂洗1次, 吹干,重悬于500 ulTE中
8.加入1 ul RNaseA (10 mg/mL),37℃处理1 hr
9.用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次(10,000 rpm,4℃离心5 min)
10.取上清,1/10V 3M NaAc,2.5V体积的无水乙醇, -70℃沉淀30 min以上
11.沉淀用75%乙醇漂洗,风干, 溶于200 ulTE中,-20 ℃保存备用
DNA提取液:0.2M Tris-HCl(pH 7.5),0.5M NaCl,0.01M EDTA,1%SDS,
3M NaAc
TE:10 mmol/L Tris-HCl pH8.0,1 mmol/L EDTA
酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)
氯仿:异戊醇(24:1)
异丙醇
无水乙醇
75%乙醇
RNaseA

真菌DNA的提取(方法二)
1.真菌菌丝0.5-1 g, 在液氮中迅速研磨成粉
2.加入3 mL 65℃预热的DNA提取缓冲液,快速振荡混匀65℃水浴30 min, 期间混匀2-3次
3.加入1 mL 5M KAc,冰浴20 min
4.等体积的氯仿:异戊醇(24:1)抽提1次(10,000 rpm,4℃离心5 min)
5.取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇, 混匀, 静置约30 min
6.用毛细玻棒挑出絮状沉淀, 用75%乙醇反复漂洗数次, 再用无水乙醇漂洗1次, 吹干,重悬于500 L TE中
7.加入1 ul RNaseA (10 mg/mL),37℃处理1 hr
8.用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次(10,000 rpm,4℃离心5 min)
9.取上清,1/10V 3M NaAc,2.5V体积的无水乙醇, -70℃沉淀30 min以上
10.沉淀用75%乙醇漂洗,风干, 溶于200 ul TE中,-20 ℃保存备用。
DNA提取缓冲液:100 mM Tris-HCl(pH8.0),20 mM EDTA(pH8.0),1.5 M NaCl, 2% CTAB(W/V),4% PVP40(W/V)和2% 巯基乙醇(V/V),PVP和巯基乙醇使用前加入
5M KAc

方法一和二,是大同小异。主要是DNA提取液配方不一样!成本也不一样的哟!
奇怪的是鸭鸭上怎么没办法输入微升的符号!只有用ul代替了!
真菌菌丝的总RNA的提取
RNA提取缓冲液(CTAB):2% CTAB(W/V),2% 聚乙烯吡咯烷酮PVP(W/V),100 mM Tris-HCl(pH8.0,DEPC处理的水配置),25mM EDTA, 0.5g/L 亚精胺Spermidine,2.0M NaCl,2%巯基乙醇(V/V,使用前加入)。由于在高温灭菌条件下,Tris-HCl要和DEPC发生反应,所以配RNA提取缓冲液时直接用DEPC 处理的水配制即可。