石墨炉原子吸收光谱仪与火焰原子吸收光谱仪都属于原子吸收光谱仪，由光源、原子化系统、分光系统和检测系统组成。
主要区别在：
1、原子化器不同
火焰原子化器：由喷雾器、预混合室、燃烧器三部分组成。特点：操作简便、重现性好。
石墨炉原子器：是一类将试样放置在石墨管壁、石墨平台、碳棒盛样小孔或石墨坩埚内用电加热至高温实现原子化的系统。其中管式石墨炉是最常用的原子化器。
原子化程序分为干燥、灰化、原子化、高温净化
原子化效率高：在可调的高温下试样利用率达100%
灵敏度高：其检测限达10-6~10-14
试样用量少：适合难熔元素的测定
2、操作条件的选择
火焰燃烧器操作条件的选择(试液提升量、火焰类型、燃烧器的高度)
石墨炉最佳操作条件的选择(惰性气体最佳原子化温度)
3、精确度
火焰原子吸收光谱法可测到10-9g/ml数量级
石墨炉原子吸收法可测到10-13g/ml数量级
4、火焰原子吸收除了其优异的性能之外更添加了在线稀释装置和可切换的真实单,双光路光学系统。
石墨炉原子吸收采用横向加热石墨管, 加热速度可高达3800K/秒, 可设置多达30个加热步骤以适合各种应用。
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