硅藻土的化学成分主要是SiO2，含有少量的Al2O3、Fe2O3、CaO、MgO等和有机质。
硅藻土的密度1.9—2.3g/cm3，堆密度0.34—0.65g/cm3，比表面积40—65㎡/g，孔体积0.45—0.98cm³/g，吸水率是自身体积的2—4倍，熔点1650℃—1750℃，在电子显微镜下可以观察到特殊多孔的构造。
