1. 磁共振波谱对判断梗死区脑细胞功能的恢复有监测作用，有利于判断病变的预后。
2. 判断脑肿瘤的放射治疗、化学治疗及手术治疗后的疗效、是否有肿瘤残留或复发。区分急、慢性期以及对脱髓鞘疾病治疗的疗效做出判断。
3. 用3P磁共振波谱来检测肝肿瘤放射后所致的肝放射性损伤的程度以及肝能量代谢的状况并对肝功能进行评价。
4. 检测假性肥大性肌营养不良、强直性肌营养不良、家族性脊椎肌萎缩等疾病。
5. 磁共振波谱是检测心肌缺血新的无创方法，可检出早期心肌缺血，以及对心肌的血流灌注进行评价。
6. 结合快速磁共振成像进行节段性室壁运动和心肌代谢的观察。