神经系统疾病中有许多病因不明，分类也很混乱、重叠现象，因此大致可按病因、部位、病理等分类。
按病因分类
如上节所述。但许多疾病病因不明，难以归入病因明确的类别。
按部位分类
分为中枢神经疾病、周围神经疾病、植物神经疾病以及肌病等。各部位疾病又可按病因、病理变化而分为细类。
按病理变化分类
可分为变性病、脱髓鞘疾病、炎症性疾病、畸形、出血。
按病程分类
分为急性（如流行性乙型脑炎、化脓性脑膜炎）、慢性（占大多数）。
