（一）高倍立体显微镜的使用
现代毛发移植术，有大量的医师采用以毛囊单位（FU）为移植体来进行。更小的移植体以一种艺术的方式分布植入，较之混合的多毛囊单位移植体将产生更自然的效果。然而移植体的制备过程实行起来较为困难，有越来越多的挑战，这些小型移植体在制备过程中的损伤和新的移植体分离出来后干燥脱水，这些问题都是严重的，可能导致移植后的毛发生长不好。一致公认的成功分割供区头皮条以及FU制备的关键是双目立体显微镜技术，此技术起源于Limmer，后经进一步的发展并推广于大量的其他医师。Rassman、Bernstein和Seager等简称其为立体显微镜，它提供适当的放大倍数和优质的光源。将此技术应用于毛发移植术的所有外科医师要确信此方法是远远优于其他方法的。
应用双目立体显微镜在制备的毛囊移植体的过程中是必需的。一个毛囊单位移植体要有合适的大小，太小的毛囊移植体容易干枯和损伤，太大的难以植入反而增加损伤。另外一个重点是显微镜下分离毛囊，有可能使一些容易被忽视掉的小型毛发被分离、被利用起来。
（二）慎重分离毛囊单位移植体
成功分离毛囊单位要具备几个因素，包括医师要尽可能在不损伤毛囊的前提下将移植体分得精细些，既要保证移植体移植时减少对头皮和周围血管的损伤，也要让移植后的毛囊有足够的血供而不坏死。
（三）预防移植体的脱水和干燥
被分离出来的毛囊单位移植体相对于大的整块的头皮更容易干燥，因为它缺少了周围组织对它的保护。因此，助理必须要特别注意移植体在分离时和植入前的保湿。及时将毛囊单位移植体浸润在装有冷生理盐水的培养皿内。培养皿的放置必须保持平稳，防止由于培养皿内的盐水高低不均而引起有部分移植体浸水，而有部分因为缺水而干燥。在一些诊所，毛囊单位移植体被放置在一个无菌的倒满生理盐水的杯子内，以保证移植体的湿润。将移植体放置在培养皿内的纱布上相对于放置在悬浮的装满水的杯子内的优点是，可以将移植体成堆放置，更方便计数；缺点是要更多地关注移植体有无干燥的风险。