第三代测序摊上事了！香港中文大学发起诉讼

　　Take2 和香港中文大学起诉 Pacific Biosciences，指控其侵犯了一项涉及甲基化 DNA 碱基调用方法的ZL。

　　在周二向美国证券交易委员会提交的文件中，PacBio 披露了去年 12 月在美国特拉华州地方法院提起的诉讼。

　　原告均与无创产前检测先驱 Dennis Lo 有关联，指控其侵犯了美国ZL号 11,091,794，该ZL名为“核酸碱基修饰的测定”。 具体来说，他们声称 PacBio 测序仪器携带能够直接检测甲基化的软件侵犯了该ZL。 该软件于去年发布，可用于 Sequel IIe 和即将推出的 Revio 乐器。

　　该投诉寻求未指明的金钱损失和禁止 PacBio 侵犯 '794 ZL的命令。 原告声称侵权是故意的，因此要求三倍的损害赔偿。

　　PacBio 于 2 月 14 日提出驳回此案的动议。在随附的简报中，该公司的律师辩称该ZL无效。 具体来说，该ZL“要求一种统计模型，用于计算据称关于核酸碱基是否被修饰的更好预测，”他们写道。 “统计模型是不合格的主题，因为它本质上是数学，即使它解决了遗传预测问题。”

　　“我们认为投诉中的侵权指控缺乏根据，我们打算在这件事上积极为[我们自己]辩护，”PacBio 在提交给美国证券交易委员会的文件中表示。

　　原告和 PacBio 均未在截止日期前回应置评请求。

　　PacBio 的测序方法通过分析聚合酶活性在这些碱基和附近碱基的碱基掺入过程中的打嗝来调用甲基化碱基。 这些不规则性表现为荧光脉冲之间的时间长度或脉冲间持续时间 (IPD)。 PacBio 的算法使用 IPD 中的这些差异来进行表观遗传修饰调用。

　　2021 年初，Lo 的中大团队在美国国家科学院院刊上发表了一篇论文，内容是利用神经网络改进 PacBio 测序数据的甲基化检测。 当时，Lo 表示，癌症基因检测和信息学公司 Take2 Health 将在获得独家许可后将该技术商业化。

　　Children's Mercy Kansas City 已经开始使用 PacBio 测序仪的新功能来生成罕见疾病队列的甲基化信号。