α-氨基己二酸广泛应用于医药、食品、饲料、化妆品工业等领域，也被用作合成特殊化学物质（如低质甜味剂、螯合剂以及多肽）的中间体。
此外，α-氨基己二酸还是赖氨酸合成途径的一个代谢中间产物，若将含C-14的赖氨酸与研碎的天竺鼠肝脏混合保温，则赖氨酸在C-14原子处被氧化为α-氨基己二酸，α-氨基己二酸继续被氧化，脱去氨基而变成α-酮基己二酸，α-酮基己二酸经氧化脱羧而变成戊二酸。
