内含子可以在转录抄本的任何位置,甚至在以后成为密码子的三核苷酸之间。若内含子位于一密码子的第三位核苷酸和另一密码子的第一位核苷酸（即两密码子之间）,则被称为0位内含子。相应地,位于一密码子第一第二位核苷酸之间的内含子被称为1位内含子,位于第二和第三位之间时,则被称为2位内含子。这在外显子复制中很重要,处于两同相位内含子的外显子被称为对称外显子,其核苷酸数为3的整数倍,它可以被成功复制,不会造成阅读框的推移。相反,非对称外显子是不可复制的。
