IRES常用构建于真核生物双顺反子(bicistronic mRNA)中间,如此一来,第一个蛋白通常靠5’帽子结构起始翻译,而第二个蛋白则依靠IRES起始翻译。IRES前后的两个蛋白的表达通常是成比例的,因此可以根据其中一个报告基因的表达情况来反映另外一个蛋白的表达情况。