根据典型的皮肤、黏膜疱疹临床表现，并结合某些促发因素、反复发作等特点，临床诊断不难。但对于角膜、结膜、腔道深处（如生殖道、尿道、直肠等）以及疱疹性脑炎、其他内脏性损害而缺乏皮肤疱疹者，诊断较困难。
疱疹性脑炎、脑膜脑炎临床诊断依据：
①急性脑炎、脑膜脑炎症状，但流行病学史不支持乙脑或森林脑炎。
②病毒性脑脊液表现，如为血性脑脊液或检出大量红细胞则高度提示本病可能。
③脑点图、MRI提示病变以额叶和颞叶为主，呈弥漫性不对称损害。
