1、安非他酮的遗传毒性：安非他酮Ames试验中5个菌株中的2个出现阳性结果（突变率为对照组的2～3倍），在3个体内大鼠骨髓细胞遗传学试验中，有1个试验出现染色体畸变率增加。
2、安非他酮的生殖毒性：大鼠经口给予安非他酮高达300mg/kg，未见对生育力的损伤。妊娠大鼠和家兔给予安非他酮剂量分别高达450mg/kg和150mg/kg（按体表面积计算，分别相当于最大推荐人用剂量的7～11倍和7倍），未见与药物相关的胎仔毒性。
3、安非他酮的致癌作用：长期给药研究中大鼠和小鼠灌胃给予安非他酮剂量分别高达300和150mg/kg（按体表面积计算，分别相当于最大推荐人用剂量的7倍和2倍），连续104周和96周，其中剂量为100～300mg/kg时可引起大鼠肝脏结节性增生，该增生是否为肿瘤前病变（precursors of neoplasm）尚不清楚。但在小鼠中未见相似的病变。两试验中均未见肝脏和其他器官恶性肿瘤发生率增加。