其并发症的危害性往往大于急性腭扁桃体炎本身，由于抗生素的应用，其并发症已明显减少。可分局部并发症和全身并发症两类。
1、局部并发病
局部并发病较容易引起，为急性炎症直接侵犯邻近组织所致。
（1）颈深部感染：最常见者为扁桃体周脓肿，也可引起咽后脓肿及咽旁脓肿等。
（2）急性腭扁桃体炎向上蔓延可引起急性中耳炎、急性鼻炎及鼻窦炎；向下可引起急性喉气管炎、急性支气管炎，甚至可引起肺炎，颈内静脉血栓性静脉性静脉炎等。
2、全身并发症
一般认为，全身并发症的发生与各个靶器官对链球菌所产生的Ⅲ型变态反应有关。
常侵犯肩、肘及膝关节，小关节受累较少。受累关节运动时感疼痛，仅当并发风湿性关节炎时方出现关节肿胀。
其症状常在急性腭扁桃体炎发作后1～3周出现，有时也可发生于急性炎症期间。
可引起急性心包炎、急性心内膜炎、急性心肌炎，或急性全心脏炎。在急性腭扁桃体炎后出现风湿热者，心脏并发症尤为多见。
可引起急性肾炎，多在急性腭扁桃体炎后2～3周出现症状。另外，还可并发急性尿道炎、急性睾丸炎及附睾炎等。
还可引起脓毒血症、亚急性甲状腺炎、急性腹膜炎、急性阑尾炎及急性胆囊炎等。