药物相互作用研究表明，惠妥滋与daspone、洛哌丁胺、甲氧氯普胺、奈韦拉平、雷尼替丁、利福布汀、利托那韦、司坦夫定、磺胺加恶唑、甲氧苄啶和齐多夫定，在药物代谢动力学上均无临床的相互作用。其中，与daspone、奈韦拉平、利福布汀、利托那韦、司坦夫定和齐多夫定相互作用的研究是多剂量研究；与洛哌丁胺、甲氧氯普胺、雷尼替丁、磺胺加恶唑和甲氧苄啶是单剂量研究，其稳态动力学的影响不明。去羟肌苷分散片与已知对胰腺有毒性的药物合用，会增加胰腺毒性，需格外谨慎，只有当无其他治疗方案或必须使用时，方可采用此治疗方案。有神经病变病史的和同时使用如司坦夫定有神经毒性药物的患者，较易发生外周神经病变。
同时服用去羟肌苷分散片，会显著降低地拉韦啶（20%）和茚地那韦（84%）的AUC。为避免此药物相互作用，地拉韦啶和茚地那韦应在服用去羟肌苷分散片前1小时给药。奈非那韦在服用去羟肌苷分散片后一小时给药，同时进少量食物，前者的药物代谢动力学不受影响。