慢性肾盂肾炎的表现与急性肾盂肾炎截然不同，其发病和病程很隐蔽。分为三部分：
1.尿路感染表现
不明显，可有乏力、低热、厌食等，间歇性出现腰酸腰痛等肾盂肾炎症状，可伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路感染症状。可表现为间歇性无症状性菌尿。
2.慢性间质性肾炎表现
如尿浓缩能力下降，可出现多尿、夜尿增多，易发生烦渴、脱水；肾小管重吸收能力下降可表现为低钠、低钾血症，肾功能不全时也可出现高钾血症；肾小管酸中毒常见。慢性肾盂肾炎表现以肾小管功能损害表现为主，往往比肾小球功能损害更为突出。
3.慢性肾功能不全
发展至终末期可出现肾功能不全，可有水肿、乏力、食欲不振、贫血等表现。