成人多囊肾病患者出现症状的平均年龄有很大变化，以 30 ~ 60 岁为发病高峰年龄，一般在 35 ～ 45 岁出现症状，也有迟至 70 ～ 80 岁才表现。当出现症状后，病情可以发展很快。本病通常分为三期：第一期无症状，第二期出现症状，第三期出现尿毒症。最早出现的症状为疼痛，常在腰部，也可在腹股沟。一些患者有背痛、上腹部或下腹部不适。疼痛的原因可能是肾包膜张力增加，邻近器官受压，囊肿出血等。少数人可出现肾绞痛。 70% 以上患者有高血压，伴高血压眼底变化，半数患者出现血尿。可在腹部或腰部扪及凹凸不平的包块，可误诊为肝或脾肿大。
其常见并发症为结石和感染，也可以并发肾肿瘤；约 1/3 的患者伴有多囊肝，也可发生脾脏、胰脏及肺部等多囊病变；约半数患者伴有脑动脉瘤。多囊肾患者最终发展为慢性肾功能衰竭，出现尿毒症及相关症状。一旦出现尿毒症，预后极差。