沙眼衣原体引起的新生儿包涵体性结膜炎常常于生后5～14天发病，病情轻重不一，可出现脓性分泌物。其他细菌引起的结膜炎一般在生后4～21天发病，也可出现脓性分泌物。单纯疱疹病毒引起的结膜炎可以单独存在，也可合并全身和中枢神经系统的感染，严重者威胁生命。淋病性结膜炎可在生后2～5天发病，如有羊膜早破，发病更早，为宫内感染。新生儿常有眼睑肿胀，睑结膜发红、水肿，同时伴有分泌物，初为白色，但可能很快转为脓性，出现黄白色带脓性的分泌物。发病伊始可能是一侧眼部，但随着病情发展可使另一侧眼睛受累及，如未及时护理治疗，炎症可侵犯角膜。有的新生儿还可产生远期眼部不良后遗症，如视力受影响。