临床试验中，伏立康唑组中具有临床意义的转氨酶异常的总发生率为13.4%（200/1493）。肝功能试验异常可能与较高的血药浓度和/或剂量有关。绝大部分的患者按照原给药方案继续用药，或者调整剂量继续用药（包括停药）后均可缓解。
在应用伏立康唑的患者中，黄疸等严重的肝毒性很少发生，肝炎和致死性的肝衰竭更是罕见。发生上述不良事件者大多伴有其他严重的基础疾病。
在使用伏立康唑治疗初及治疗中均应检查肝功能，如在治疗中出现肝功能异常，则需严密监测，以防发生更重的肝损害。处理应包括肝功能实验室评价（特别是肝功能试验和胆红素），如临床症状体征与肝病的发展相一致，且可归因于伏立康唑，则必须停药。
有报道重症患者应用本品时可发生急性肾功能衰竭。本品与具有肾毒性的药物合用以及当患者合并其他基础疾病时，可能会发生肾功能减退。因此应用本品时需要监测肾功能，包括实验室检查，特别是血肌酐值。