根据非婚性接触史或配偶感染史，男性有尿道黏液性或黏液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状，女性有阴道分泌物异常，宫颈管黏液脓性分泌物，实验室检查沙眼衣原体阳性，而作出沙眼衣原体感染的诊断。由于沙眼衣原体感染无症状者较多，因此，实验室检查十分重要。
