潜伏期为2～4天。常急剧发热，热多为低度或中等度，偶见高达40℃以上，甚至引起惊厥。热程大都2～4天。年龄较大的患儿可诉咽痛，咽痛重者可影响吞咽。婴幼儿则表现为流涎、拒食、烦躁不安。有时伴头痛、腹痛或肌痛，5岁以下小儿有1/4可伴发呕吐。
典型症状出现在咽部。表现为咽部充血，起病2日内口腔黏膜出现数个（少则1～2个，多达10余个）小的（直径1～2mm）灰白色疱疹，周围绕以红晕。2～3日后红晕加剧扩大，疱疹破溃形成黄色溃疡。此种黏膜疹多见于扁桃体前柱，也可位于软腭，悬雍垂，扁桃体上，但不累及齿龈及颊黏膜。
病程一般为4～6天，偶有延至2周者。部分手足口病患儿以疱疹性咽峡炎为首发症状，随后可在手掌、足底、臀部等部位出现红色皮疹。
