1、孢子、孢囊和病毒比自养型细菌耐受性高；
2、水必须进行前处理，因为紫外线会被水中的许多物质吸收，如酚类、芳香化合物等有机物、某些生物、无机物和浊度；
3、没有持续消毒能力，并且可能存在微生物的光复活问题，最好用在处理水能立即使用的场合、管路没有二次污染和原水生物稳定性较好的情况（一般要求有机物含量低于10μg/L）；
4、不易做到在整个处理空间内辐射均匀，有照射的阴影区；
5、没有容易检测的残余性质，处理效果不易迅速确定，难以监测处理强度；
6、处理水量较小；
7、较短波长的紫外线（低于200nm）照射可能会使硝酸盐转变成亚硝酸盐，为了避免该问题应采用特殊的灯管材料吸收上述范围的波长。