与核基因组相比,线粒体基因组有如下性质：
所有的基因都位于一个单一的环状DNA分子上。
遗传物质不为核膜所包被。
DNA不为蛋白质所压缩。
基因组没有包含那么多非编码区域（调控区域或“内含子”）。
一些密码子与通用密码子不同。相反,与一些紫色非硫细菌相似。
一些碱基为两个不同基因的一部分（重叠基因）：某碱基作为一个基因的末尾,同时作为下一个基因的开始。
线粒体DNA比DNA存活时间长得多,而且遗传自母亲,因此用来确认家庭关系十分理想。
