有些最危险的脑干脑炎（例如由单纯性疱疹病毒所引的脑炎），现在已可用诸如阿拉伯糖腺嘌呤，或无环乌苷，或干扰素等药物来治疗。尽管这些药物的疗效仍在评估中，但是对治疗危险脑干脑炎总是一个机会，否则患者一定会死亡。由于造成脑干脑炎的其他病毒，大多对抗生药物没有反应，因此基本的治疗是采取一些措施，使症状缓和下来，让身体的自然防御力量去克服感染。在大多数情况下，只要保持舒适，营养充足就行了。有时候，类固醇药物能够抑制发炎。如果已昏炎不醒，用鼻胃管给喂食，用呼吸机来协助呼吸。严重脑干脑炎可能恢复得很慢，可能需要接受特种治疗、学习。诸如把话说得清楚等基本技能。