质粒载体绝大多数是以天然质粒为基础,加以人工改造和组建。理想的细菌质粒载体,除去其他类型载体相同的特点外,还应具备以下条件：
①相对分子质量尽可能小,质粒越小,拷贝数越高,而且便于提取和纯化；
②DNA结构和功能清楚,质粒序列中具有包含一系列单一限制酶酶切位点的多克隆位点,便于带有不同末端的外源片段的插入；
③具有在宿主中合适的一个或多个选择标记,用以筛选携带有目的片段的克隆,这类选择标记可以分为显性标记和营养缺陷型标记,最主要的显性标记是各种抗生素抗性基因(如氨苄青霉素抗性基因、四环素抗性基因、阿泊拉霉素抗性基因、氯霉素抗性基因等)；
④缺失流动基因,这样质粒就不会从一个细菌接触转移到另一个细菌。