各类氧化酶的共性是将底物氧化后，生成过氧化氢。
RH2+O2→R+H2O2
过氧化氢酶又可以利用过氧化氢，将其它底物（如醛、醇、酚）氧化。
R′H2+H2O2→R′+2H2O
此外当细胞中的H2O2过剩时，过氧化氢酶亦可催化以下反应：
2H2O2 → 2H2O + O2
