金针菇曲霉病病原菌为曲霉属中多种曲霉。根据1965年Rapes氏研究，将曲霉分为18个群132个菌种，其中主要致病菌有10种，计有熏烟色曲霉、黑曲霉、黄曲霉、土曲霉、米曲霉、棒曲霉、杂色曲霉、构巢曲霉、萨氏曲霉、灰绿曲霉等，而以熏烟色曲霉最多见。曲霉属中某些种可产生子囊孢子，有些种则不产生子囊孢子，营无性生殖。前者属于子囊菌纲、弯子囊菌亚纲、散囊菌目、散囊菌科中的一个属；后者属于半知菌类，丛梗孢目，丛梗孢科。许多曲霉对植物有致病性，有些能使鸟类、昆虫及家畜感染，鸟类尤其是鸽最易受染。企鹅尸体解剖中发现40%感染了熏烟色曲霉。因此，皮毛工作者、饲鸽者及打谷的农民，由于吸入含曲霉孢子的灰尘而常引起感染。