采样前要了解所采样品的来源、加工、储藏、包装、运输等情况，采样时必须做到：使用的器械和容器需经灭菌，严格进行无菌操作；不得加防腐剂；液体样品应搅拌均匀后才去采样，固体样品应在不同部位采取以使样品具代表性；取样后及时送检。
国际食品微生物标准委员会(ICMSF)制定的食品微生物学分析采样方法，目前已在国内外被逐步推广采用。ICMSF根据以下原则来规定不同的采样数：
①各种微生物本身对人的危害程度各有不同；
②食品经不同条件处理后，其危害程度可分为3种情况：危害度降低；危害度未变；危害度增加。依据ICMSF采样方法规定，其中：n：指一批产品采样个数；c：指该批产品中检样菌数超过限量的检样数；m：指合格菌数限量；M：指附加条件后判定为合格的菌数限量。