鼻咽腔深在、隐蔽，该部位恶性肿瘤局部症状不显著，多因蔓延邻近结构或淋巴道转移后才引起注意，因眶区痛、眼外肌麻痹和眼球突出首先就诊于眼科者多见。
晚期鼻咽癌常在视交叉附近侵犯视神经，展神经行程长，又位于鼻咽癌易侵犯的区域，故经常和较早受侵犯，引起复视，眼球不能外转，呈内斜视。滑车神经受影响，眼球外下方转动受限而引起下视困难。动眼神经受压，导致眼球运动障碍，上睑下垂。三叉神经眼支受累，呈现上下睑皮肤麻木感和角膜反射迟钝或消失。眼眶组织受侵袭产生眼球突出。
其他的临床表现有血性鼻涕或鼻出血，是由于不规则癌组织表面溃烂所致。肿瘤浸润咽隐窝和咽鼓管圆枕区引起耳鸣或听力下降。肿瘤组织阻塞鼻后孔产生鼻阻塞。颅底骨质破坏或神经受侵犯导致头痛，表现为单侧持续性颞、顶部疼痛，是最常见的初发症状。