粘膜免疫系统的淋巴组织有两个基本特征：一是接近抗原，二是诱导和效应位点的区域化，以消化道相关淋巴组织（GALT）为例：消化道相关淋巴组织由Peyer结（PP）、肠系膜淋巴结（MLN）以及分散在粘膜固有层(LP)和肠上皮中的大量淋巴细胞组成。PP中有明确的T细胞区和B细胞区，是典型的二级淋巴器官，位于小肠系膜的对侧，与肠腔仅隔一层立方上皮细胞。这层上皮细胞被称为滤泡相关上皮，之中除了普通的肠细胞、各种类型的淋巴细胞外，还有一种特殊的上皮细胞（M细胞），负责摄取和转运抗原。肠系膜淋巴结也是二级淋巴器官，与PP通过淋巴管道相连，又经胸导管外通血液，是粘膜与外周免疫系统的中转站。