纤维素酶用于咖啡的商业食品加工。它在豆类干燥过程中进行纤维素的水解。此外，纤维素酶广泛用于纺织工业和洗衣洗涤剂。它们还用于纸浆和造纸工业的各种用途，甚至用于制药应用。纤维素酶用于将生物质发酵成生物燃料，尽管目前该过程相对处于实验阶段。
在医学上，纤维素酶用于治疗植物牛黄，这是一种在人胃中发现的纤维素牛黄，并且它通过水解细胞外聚合物(EPS)的结构基质胞外多糖中的β(1-4)糖苷键，在降解多微生物细菌生物膜方面表现出功效。
