HIV感染儿童后会出现一系列的与成人不同的免疫缺陷特征。
科学家们对一些由于纵向传染感染了HIV病毒的古巴儿童和一些健康儿童进行了对比，采用了临床观察和一些检测来衡量他们的免疫学状况，发现75%的患者表现出了早熟的症状。在对患者使用抗逆转录病毒治疗后，有部分患者的病毒载量变得非常高，高于100000cp/ml。HIV感染的儿童与正常儿童间的不同在于：CD4+，CD16+/cd56+，和cd19+的T淋巴细胞减少，CD3+，CD8+，CD8+/CD38+，CD3+/CD95+的T淋巴细胞及免疫球蛋白gamma IgG增多。他们在血清水平，溶血活性和补体系统中则没有显著区别。这一发现有助于人们对儿童HIV患者进行更全面的关注和更好的治疗。
