在线粒体核糖体被发现之前，研究人员已分别在真核细胞的细胞质中和原核细胞中发现80S核糖体和70S核糖体。
1967年，O'Brien和Kalf等在大鼠肝脏细胞的线粒体中发现核糖体。[1][2]当核糖体首次从细胞器中被分离时，研究人员一度以为这些核糖体是来自于原核生物祖先细胞内的70S核糖体。
1981年，对线粒体核糖体rDNA（人类）的测序结果公布，该测序工作在细胞质核糖体rRNA测序结束前完成。[3]
