最常用的抽提细胞内共价闭合环状DNA（cccDNA）的方法是蛋白质－去污剂沉淀法，其原理是基于rcDNA和共价闭合环状DNA（cccDNA）与蛋白质结合能力的差异。rcDNA能与蛋白质共价结合，与绝大多数细胞染色体DNA一起形成沉淀，而共价闭合环状DNA（cccDNA）不能与蛋白质结合故游离于上清中，用酚氯仿抽提上清即可得到cccDNA。根据笔者的经验，该方法的主要缺点是：抽提较为费时，一般需要4～5小时；酚氯仿抽提环节多、得率不高；对于冻存的富集细胞（pellet）难以充分裂解，单裂解这一步可能需要3～4小时甚至更长时间。此外，在上清中实际仍然含有少量的rcDNA，而在沉淀中实际上也存在着一部分cccDNA。
为进一步分离cccDNA、rcDNA和单链DNA，可以对抽提产物进行纯化。以酶切法最为常用。外切核酸酶Ⅲ是一种3’→5’外切酶，对带有钝端、5’突出端或有缺口的双链具有特异性，而不能降解带有3’突出端（至少4个碱基）的双链DNA。绿豆核酸酶则以内切方式降解单链DNA或RNA，而保持双链DNA的完整性（二者的比活性＞1000），可用于选择性切除双链DNA的突出单链末端，以及切除单链DNA或RNA。也可单用绿豆核酸酶酶切rcDNA，或先用外切核酸酶Ⅲ将rcDNA降解成单链，然后再用绿豆核酸酶酶切。该方法也有其缺点：如抽提产物被稀释，降低了检测敏感度；绿豆核酸酶的反应缓冲液对PCR反应有抑制作用等。
我们尝试用小量质粒抽提试剂盒抽提去抽提HepG2.2.15细胞内的cccDNA，结果发现得率比上述所用方法均要高，操作也简便，所有操作在30分钟内就可完成。