细胞器可依各自拥有膜的层数大致分为三类（广义的细胞器还包括囊泡及核小体等）：
双层膜内共生体细胞器主要包括叶绿体及线粒体等；
单层膜细胞器主要包括内质网、高尔基体、液泡、溶酶体及过氧化物酶体等；
无膜细胞器主要包括核糖体、中心体及穹窿体等。
