(1)脑弓形虫病：弓形虫是细胞内的原虫，可以造成中枢神经系统的多灶性，散在的坏死和炎性脓肿，基底结处多见，为潜伏于中枢经系统内的弓形虫再激活所致，在其他免疫抑制状态时也可出现，表现为低热，意识状态改变，抽搐和局限性体征，但是症状和体征不典型，须与其他颅内占位性病变和淋巴瘤鉴别，影像学发现增强的多发性环状病灶，周围有水肿和占位效应，基底结受累最常见，血清学诊断常无特异性，但是滴度<1∶4时应考虑其他诊断，MRI最敏感，但不能用以鉴别诊断，脑组织活检可迅速确诊，每天用乙胺嘧啶和磺胺嘧啶并辅以叶酸(防止贫血)进行治疗；慎用激素，因为它能抑制已经受损的免疫功能。
(2)巨细胞性脑炎和视网膜炎：发病率不确定，在临床表现上可与HIV脑炎混淆，但病情进展快，出现明显的脑室周围炎或在巨细胞病毒性视网膜炎和全身播散性感染的条件下出现脑炎症状时应考虑，病理改变程度不一，从只有少量巨细胞病毒包涵体到明显的脑炎和脑膜脑炎，活检能够发现脑内有病毒存在的证据，但很少能分离出，脑脊液培养也常阴性，影像学检查显示脑室周围白质的异常，增强扫描可显示皮质及皮质下病灶，巨细胞性视网膜炎是AIDS病人常见的眼科感染，20%出现出血性视网膜炎，60%为双侧性，不经治疗可导致失明。
(3)新隐球菌脑膜炎：该菌经肺进入全身，最后到达脑部，临床表现为进行性头痛加重及意识障碍，伴发热和癫痫大发作，颈强直不常见，脑脊液细胞常不增高，CT所见为非特异性，轻至中度脑室扩张，无脑膜增强，有时可见脑萎缩，肉芽肿或脓肿的影像，诊断依靠脑脊液墨汁染色找到病原菌，如不治疗可在数周内死亡，如能早期诊断，可用两性霉素B和5-氟胞嘧啶联合治疗。
(4)细菌感染：以分枝杆菌感染较多见，现已认识到，结核病是血清HIV-1阳性病人最常见的机会性感染，在合并感染HIV和结核的病人，其临床表现异常，结核进展加快，但肺结核常无痰，由于反应能力减弱，HIV病人对结核菌素试验无反应者明显增加，其肺外结核类型与一般结核病人不同，以淋巴结肿大及粟粒性结核最常见。