罗氏454测序分析软件升级

　　罗氏公司近日宣布推出一款新的软件包(v2.8)，能显著改善其GS FLX+系统上长读取鸟枪法测序的性能。这一测序平台能带来百万个读取，其读长超过1000 bp。此次改进将让研究人员发现更多复杂的遗传变异，并揭开隐藏在基因组、转录组和宏基因组样品中难以测序的区域下的生物学秘密。

　　罗氏测序解决方案的总裁Thomas Schinecker表示：“此次最新的软件发布代表了GS FLX+ 系统的长读取性能在满足客户的预期上又向前迈进了一大步。全世界30多个顶尖的测序实验室正在使用我们的新软件，他们的反馈非常好。”

　　自GS FLX+系统上市以来，研究人员已经证实了超长读取的价值，能带来更完整的全基因组de novo组装，出色的全长转录组分析，以及更好的宏基因组样品鉴定。新软件将进一步改善这些应用的测序结果，并为454测序系统的生物信息学工具带来新的功能改进。

　　RIKEN Omics科学中心和横滨市立大学KIHARA生物研究所的Hiroshi Tarui谈道：“我们实验室利用最新的GS FLX+软件体验了很棒的结果。所有测序指标，包括读长，都超出了我们的预期。我们正利用此平台开展de novo转录组研究，而长读取对cDNA转录本的全长组装和剪接变体研究很关键。”

　　德国马普研究所测序核心实验室的主管Bernd Timmermann则表示：“我们的GS FLX+系统正广泛用于不同烟草株的de novo测序项目，它实现了约820 bp的读长，而一些运行的产量也超过1 Gb。随着升级到v2.8软件，我们看到所有情况下的平均读长均有所改善。在未来的de novo测序和宏基因组项目中，我们将继续使用GS FLX+系统。”

　　罗氏还计划推出针对GS FLX+系统上长扩增子测序的长读取改进。这将改善定向测序和16S/18S rRNA宏基因组应用的测序结果。

　　GS FLX+ system是罗氏旗下454生命科学推出的一款升级版测序仪，该仪器能够产生高达1,000 bp的测序读长，接近传统的毛细管电泳测序法，使高通量测序技术达到了与Sanger测序相当的准确性和读长。读长的改善也使得测序通量提高到接近 1Gb，从而降低了大型测序项目的测序成本。

　　今年，454测序仪参与了多个物种的基因组图谱绘制，包括香蕉、西红柿、灵芝、甜瓜、蝴蝶、倭黑猩猩等，它也协助研究人员对超级细菌的传播途径及其耐药性突变的进化进行了追踪。