慢性期可出现持续性功能损害：
①肾浓缩功能减退如夜尿量增多，晨尿渗透浓度降低；
②肾酸化功能减退如晨尿pH增高，尿HCO3-增多，尿NH4+减少等；
③肾小球滤过功能减退如内生肌酐清除率降低，血尿素氮、肌酐增高等。
1.X线检查 对慢性或久治不愈者，视需要分别可做尿路平片、静脉肾盂造影、逆行肾盂造影、排尿时膀胱输尿管造影，以检查有无梗阻、结石、输尿管狭窄或受压、肾下垂、泌尿系先天性畸形以及膀胱输尿管反流现象等。此外，还可了解肾盂、肾盏形态及功能，借以与肾结核、肾肿瘤鉴别。慢性肾盂肾炎的肾盂呈轻度扩张或杵状，并可有瘢痕性畸形。肾功能不全时需用2倍或3倍剂量碘造影剂作静脉快速滴入，此项检查可能加重肾功能进一步恶化，请注意并多次摄片才能使造影得到满意效果。肾血管造影可显示慢性肾盂肾炎的小血管有不同程度的扭曲。必要时可作肾CT扫描或核磁共振扫描，以排除其他肾脏疾患。
2.同位素肾图检查 可了解肾功能、尿路梗阻、膀胱输尿管反流及膀胱残余尿情况。急性肾盂肾炎的肾图特点为高峰后移，分泌段出现较正常延缓0.5～1.0min，排泄段下降缓慢；慢性肾盂肾炎分泌段斜率降低，峰顶变钝或增宽而后移，排泄段起始时间延迟，呈抛物线状。但上述改变并无明显特异性。
3.超声波检查 是目前应用最广泛，最简单的方法，它能筛选泌尿道发育不全、先天性畸形、多囊肾、肾动脉狭窄所致的肾脏大小不匀、结石、肾盂重度积水、肿瘤及前列腺疾病等。