临床表现的轻重与脓肿的位置和大小及有否感染等有关。起病大多缓慢，发热呈间歇型或弛张型，热退而盛汗，食欲减退、恶心呕吐、腹胀腹泻及突出的肝区疼痛症状。当脓肿向肝顶部发展时，刺激有侧隔肌，疼痛向右肩反射。如压迫右肺下部可有有侧反应性胸膜炎或胸腔积液。脓肿位于右肝下部可出现右上腹痛或腰痛，部分患者右下胸部或上腹部饱满或扪及肿块，肝区呈叩压痛。脓肿位于右肝中央时症状不明显，待脓肿增大时才出现肝区下垂样疼痛。位于肝后面的脓肿常无疼痛，直至穿破后腹壁向下蔓延至肾周围才出现类似肾周围脓肿症状。左叶肝脓肿，疼痛出现早，类似溃疡病穿孔样表现或右剑图下肝肿大或中、左上腹部包块，易向心包腔和腹腔穿破。浅表部位肝脓肿可向腹腔穿破引起腹膜炎。