肠道感染：一些急性胃肠炎后，患者可能会出现肠易激综合征，可能与炎症细胞因子释放后导致的肠道功能紊乱有关。
精神心理障碍：多项研究证实，肠易激综合征患者容易出现焦虑、抑郁、恐惧等症状，面对外界刺激时，反应会更加强烈。
遗传因素：部分患者具有遗传易感性，但具体的遗传机制尚未明确。
食物因素：食物与肠易激综合征的关系尚未明确，但确实有部分患者表示进食某些食物后症状加重。
肠道菌群失衡：患者的肠道菌群不同于健康人群，且因症状不同而不同，例如：腹泻型患者的乳酸菌、双歧杆菌数量显著减少，而便秘型患者的韦荣球菌数量增加。
内分泌因素：性激素可对胃肠功能产生一定影响，例如雌激素、孕激素可增加肠道敏感性，雌激素还可抑制结肠平滑肌收缩、让胃肠转运延迟。