特发性AIN的治疗主要是支持治疗和免疫抑制治疗。一般认为，尽管部分急性肾衰竭较重者需要替代治疗支持，但多数特发性AIN患者的肾衰竭经过支持治疗后可自发缓解，通常预后良好，尤其儿童患者预后更佳。
鉴于此类AIN的发病机制及临床特点均提示有免疫反应参与，临床上常给予糖皮质激素治疗。局部糖皮质激素治疗多可使眼色素膜炎缓解，可给予地塞米松滴眼剂点眼每小时1次，以后根据炎症控制情况逐渐降低点眼频度。如滴眼剂治疗引起眼压升高可调整点眼频度或使用副作用小的糖皮质激素，并给予抗青光眼药物点眼治疗。以后随着炎症减轻，逐渐降低点眼频度。还可选用非甾体消炎药滴眼剂点眼治疗。但需注意缓慢撤药，以防复发，复发者再次局部治疗仍可见效。
对于多数TINU综合征患者经全身性糖皮质激素治疗后不仅可改善肾功能，而且可预防肾间质纤维化进展。目前认为，对病情较重者及伴有肉芽肿的特发性AIN应早期应用中等剂量的激素治疗，必要时可以考虑给予甲泼尼龙冲击治疗。若无效或停药后复发，则可考虑应用其他免疫抑制剂（如环磷酰胺或环孢素等）治疗，仍可获得满意疗效，但需特别注意监测这些药物的副作用。
部分成人患者对激素治疗反应不佳，或TINU综合征反复复发，可遗留不同程度的肾功能损害，但仅有极少数（<5%）进展至终末期肾衰竭。